基本的には「ポケモンを倒す」ことで上がります。(通信対戦を除く)
つまり、「そだてや」や「ふしぎなアメ」だと、「努力値が上がらない」だけですね。
その他「タウリンなどの所謂ドーピング」「スパトレ」などでも上がりますね。
野生のポケモンを倒すと、その種類によってどこかの能力が1〜3上がるのが基本です。
たとえばジグザグマなら素早さの努力値が1、グラエナなら攻撃の努力値が2上がります。
「ドーピング」は1個で10上がり、「スパトレ」は表示通り「1」「4」「8」「12」など上がります。
こういった努力値を上げる方法は時代、地方によって増えたり減ったりするかもしれませんが、
基本はやはり「ポケモンを倒す」ことですね、これは間違いないです。